Keď tam 10. septembra 1945 prišiel, predstavení mu zverili vyučovanie dogmatiky, asketiky a orientálnych predmetov, neskôr učil aj filozofiu.
Začiatkom roka 1950 komunisti naplánovali, že takzvaný „monsterproces“ s desiatimi vybranými rehoľníkmi musí byť uskutočnený ešte pred plánovanou akciou „K“, zameranou na likvidáciu kláštorov. Medzi desiatimi „vyvolenými“ rehoľníkmi boli aj o. Mastiliak, ako jediný Slovák a gréckokatolík, ktorého Štátna bezpečnosť zatkla 14. marca 1950. Vo vyšetrovacej väzbe boli proti nemu použité protizákonné metódy. Vo vykonštruovanom procese, ktorý sa konal v dňoch 31. marca až 5. apríla 1950, mu bol štátnym prokurátorom navrhnutý trest smrti. Štátny súd v Prahe ho napokon odsúdil za špionáž a vlastizradu na doživotné väzenie, konfiškáciu celého majetku, peňažný trest vo výške 50 tisíc korún a stratu čestných občianskych práv na 10 rokov. Nasledovalo väznenie na Mírove, vo Valdiciach a v Leopoldove, ktoré znášal statočne. Vo väzení sa stretol takmer so všetkými vtedajšími katolíckymi biskupmi, prenasledovanými politikmi a predstaviteľmi verejného života. Takmer štyri mesiace prežil v spoločnej cele aj s neskorším prezidentom ČSSR Gustávom Husákom, čo neskôr veľmi pomohlo pri obnove gréckokatolíckej cirkvi. Po amnestii bol napokon 9. mája 1965 prepustený.